Palupera varaseimad teated pärinevad 1582. aastast. 16.–17. sajandil kuulus mõis Dückeritele, Bronskydele ja Fersenitele, pärast Põhjasõda Rennenkampffidele, Samsonitele ja Rosenitele. Pikemalt oli mõis Bruiningkide käes, kes püstitasid 1860. aastatel puidust historitsistliku peahoone: keskelt ühekorruseline ja otstest kahekorruseline, kaaraknaga otstega, ning keskel neljakorruseline torn kaheksatahulise ülaosaga. 1910. aastal ostis mõisa Ludwig von Renteln.
