Pühajärve mõisa esmamainimine pärineb 1376. aastast. 17. sajandini kuulus mõis Uexküllidele, hiljem Rehbinderitele, Stackelbergidele, Samsonitele, de Villebois’dele ja Strykidele, kuni 1880. aastatel ostis selle August von Sivers. 1887. aastal valmis historitsistlik kivist peahoone, mis oli enamjaolt ühekorruseline pööningukorrusega, vasakus otsas aga kõrgus neljakorruseline torn. Maja tagakülg avanes järvele. Pärast 1919. aastat asus mõisas puhkekodu.
Peahoone hävis 1944. aastal ja taastati 1951. aastal täiesti kahekorruselise neoklassitsistliku puhkekodu hoonena. 1990. aastate lõpul hoone renoveeriti ja 2000. aastatel sai torn klaasist tipu.
Omanikud
von Uexküll17. saj
von Rehbinder
von Stackelberg
von Samson
de Villebois
von Stryk1880. aastad
von Sivers1880. aastad–1919
Teadmiseks
Mõisa saksakeelsed nimed olid Heiligensee ja Wollust.