Habaja mõis loodi 1646. aastal, kui see eraldati Vana-Harmi mõisast. 18. sajandi teisel poolel kuulus see Ungern-Sternbergidele ja seejärel Moritz Wilhelm von Pistohlkorsile; 1790. aastal omandas mõisa Bernhard Heinrich von zur Mühlen. Suure osa 19. sajandist oli mõis Hunniuste perekonna käes. Peahoone on ühekorruseline arhailise vanabalti planeeringuga puitehitis, mis ehitati arvatavasti 18. sajandi teisel poolel. Seda iseloomustavad kõrge kelpkatus, fassaadi paarisaknad ja kaks mantelkorstnat. 19. sajandil lisati maja otstesse põhiosast pisut kitsamad tiivad.
Peahoone on viimastel aastatel seisnud tühjalt ja seda on rüüstatud. 20. sajandi teisel poolel, kui majas asus majandikontor, kadusid selle sisemine planeering ja interjöörid. Enamik kõrvalhooneid on säilinud algsel või peaaegu algsel kujul.
Omanikud
von Ungern-Sternberg18. saj
von Pistohlkors1790
von zur Mühlen1790
Hunnius19. saj
Teadmiseks
Mõisasüdant läbib Kose–Kuimetsa–Rapla maantee, mis kulgeb peahoone esise auringi läänepoolset serva pidi.
Peahoonest lõuna pool Kuimetsa poole viiva tee lähedal seisab hollandi tuulik.
